Deadpool viene reclutato dal programma Weapon X per sfruttare il suo fattore rigenerativo in missioni segrete. Wade lavora sotto il comando di Malcolm Colcord, il direttore spietato del programma, e interagisce con personaggi chiave come Sabretooth, un agente brutale, e Kane (Weapon X originale), che ha legami con il progetto. La storia approfondisce la relazione di Wade con l’organizzazione, evidenziando la tensione tra il suo spirito anarchico e l’autorità. Tra intrighi e doppi giochi, Deadpool deve affrontare il lato oscuro del programma e i suoi effetti sui partecipanti.